Senjata baru untuk diagnosis tuberkulosis dan pengesanan rintangan dadah: Generasi baru yang disasarkan penjujukan (TNGs) digabungkan dengan pembelajaran mesin untuk diagnosis hipersensitiviti tuberkulosis
Laporan Kesusasteraan: CCA: Model diagnostik berdasarkan TNG dan pembelajaran mesin, yang sesuai untuk orang yang kurang bakteria bakteria dan meningitis tuberculous.
Tesis Tajuk: penjujukan generasi seterusnya yang disasarkan dan pembelajaran mesin: strategi diagnostik ultra sensitif untuk tubular pulmonari paucific dan meningitis tiub.
Berkala: 《Clinica Chimica Acta》
Jika: 6.5
Tarikh penerbitan: Januari 2024
Digabungkan dengan Universiti Akademi Sains Cina dan Hospital Beijing Chest Modal Medical University, Makro & Ujian Mikro menubuhkan model diagnosis tuberkulosis berdasarkan generasi baru jujukan sasaran (TNGS) dan kaedah pembelajaran mesin, yang menyediakan ultra-tinggi Sensitiviti pengesanan untuk tuberkulosis dengan beberapa bakteria dan meningitis tuberculous, menyediakan kaedah diagnosis hipersensitiviti baru untuk diagnosis klinikal daripada dua jenis tuberkulosis, dan membantu diagnosis yang tepat, pengesanan rintangan dadah dan rawatan tuberkulosis. Pada masa yang sama, didapati bahawa cfDNA plasma pesakit boleh digunakan sebagai jenis sampel yang sesuai untuk pensampelan klinikal dalam diagnosis TBM.
Dalam kajian ini, 227 sampel plasma dan sampel cecair cerebrospinal digunakan untuk menubuhkan dua kohort klinikal, di mana sampel kohort diagnostik makmal digunakan untuk menubuhkan model pembelajaran mesin diagnosis tuberkulosis, dan sampel kohort diagnostik klinikal digunakan untuk mengesahkan yang ditetapkan Model diagnostik. Semua sampel pertama kali disasarkan oleh kolam probe menangkap sasaran yang direka khas untuk Mycobacterium tuberculosis. Kemudian, berdasarkan data penjujukan TB-TNGS, model pokok keputusan digunakan untuk melakukan pengesahan silang 5 kali ganda pada latihan dan pengesahan set giliran diagnostik makmal, dan ambang diagnostik sampel plasma dan sampel cecair serebrospinal diperolehi. Ambang yang diperoleh dibawa ke dalam dua set ujian diagnosis klinikal giliran untuk pengesanan, dan prestasi diagnostik pelajar dinilai oleh lengkung ROC. Akhirnya, model diagnosis tuberkulosis diperolehi.
Rajah 1 Skematik Reka Bentuk Reka Bentuk Penyelidikan
Keputusan: Menurut ambang spesifik sampel DNA CSF (AUC = 0.974) dan sampel cfDNA plasma (AUC = 0.908) ditentukan dalam kajian ini, di antara 227 sampel, sensitiviti sampel CSF adalah 97.01%, kekhususannya adalah 95.65%, dan Kepekaan dan kekhususan sampel plasma adalah 82.61% dan 86.36%. Dalam analisis 44 sampel berpasangan plasma cfDNA dan DNA cecair serebrospinal dari pesakit TBM, strategi diagnostik kajian ini mempunyai konsistensi yang tinggi sebanyak 90.91% (40/44) dalam cfDNA plasma dan DNA cecair serebrospinal, dan sensitiviti adalah 95.45% (42/44). Pada kanak -kanak dengan tuberkulosis pulmonari, strategi diagnostik kajian ini lebih sensitif terhadap sampel plasma daripada keputusan pengesanan Xpert sampel jus gastrik dari pesakit yang sama (28.57% vs 15.38%).
Rajah 2 Analisis Prestasi model diagnosis tuberkulosis untuk sampel penduduk
Rajah 3 Hasil diagnostik sampel berpasangan
Kesimpulan: Kaedah diagnostik hipersensitif untuk tuberkulosis ditubuhkan dalam kajian ini, yang dapat memberikan alat diagnostik dengan kepekaan pengesanan tertinggi untuk pesakit klinikal dengan tuberkulosis oligobacillary (budaya negatif). Pengesanan tuberkulosis hipersensitif berdasarkan cfDNA plasma mungkin jenis sampel yang sesuai untuk diagnosis tuberkulosis aktif dan meningitis tuberculous (sampel plasma lebih mudah dikumpulkan daripada cecair serebrospinal untuk pesakit yang disyaki tuberculosis otak).
Pautan Asal: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? melalui%3dihub
Pengenalan ringkas produk pengesanan siri makro & mikro-ujian
Memandangkan keadaan sampel rumit pesakit tuberkulosis dan pelbagai keperluan, Makro & Mikro-Ujian menyediakan satu set lengkap penyelesaian NGS untuk pengekstrakan pencairan dari sampel sputum, pembinaan dan penjujukan perpustakaan Qualcomm, dan analisis data. Produk ini meliputi diagnosis pesat pesakit tuberkulosis, pengesanan rintangan dadah tuberkulosis, menaip mycobacterium tuberculosis dan NTM, diagnosis hipersensitiviti bakteria-negatif tuberkulosis dan orang-orang tuberculous, dan sebagainya.
Kit Pengesanan Serial untuk Tuberkulosis dan Mycobacteria:
| Perkara no | nama produk | kandungan ujian produk | Jenis sampel | model yang berkenaan |
| HWTS-3012 | Ejen pelepasan sampel | Digunakan dalam rawatan pencairan sampel sputum, telah memperoleh nombor rekod kelas pertama, Sutong Machinery Equipment 20230047. | Pudar | |
| HWTS-NGS-P00021 | Kit Pengesanan Kuantiti Qualcomm untuk Tuberkulosis Hypersensitive (kaedah penangkapan siasatan) | Pengesanan hipersensitiviti yang tidak invasif (biopsi cecair) untuk tuberkulosis pulmonari bakteria-negatif dan nodul otak; Sampel orang yang disyaki dijangkiti dengan tuberkulosis atau mikobakteria bukan tuberkulosis dianalisis oleh metagenomik urutan yang mendalam, dan maklumat pengesanan sama ada tuberkulosis atau bukan tuberkulosis mycobacteria telah dijangkiti dan maklumat rintangan pertama dari mycobacteria. telah disediakan. | Darah periferal, cecair lavage alveolar, hidrotoraks dan asites, sampel tumpahan tumpuan, cecair cerebrospinal. | Generasi Kedua |
| HWTS-NGS-T001 | Kit Pengesanan Mycobacterium dan Kit Pengesanan Rintangan Dadah (kaedah penjujukan penguatan multiplex) | Ujian menaip Mycobacterium, termasuk MTBC dan 187 NTM；Pengesanan rintangan dadah Mycobacterium tuberculosis meliputi 13 ubat dan 16 tapak mutasi teras gen rintangan dadah. | Sputum, cecair lavage alveolar, hydrothorax dan asites, sampel tusukan tumpuan, cecair cerebrospinal. | Platform dwi generasi kedua/ketiga |
Sorotan: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium menaip dan kit pengesanan rintangan dadah (kaedah penguatan multiplex)
Pengenalan Produk
Produk ini didasarkan pada ubat-ubatan pertama dan kedua yang diterangkan dalam garis panduan rawatan TB WHO, makrolida dan aminoglikosida yang biasa digunakan dalam garis panduan rawatan NTM, dan tapak rintangan dadah meliputi semua kumpulan tapak yang berkaitan dengan rintangan dadah di Katalog Mutasi Kompleks Mycobacterium Tuberculosis, serta gen rintangan dadah yang dilaporkan dan tapak mutasi mengikut siasatan dan statistik Literatur tinggi di rumah dan di luar negara.
Pengenalpastian menaip adalah berdasarkan strain NTM yang diringkaskan dalam garis panduan NTM yang diterbitkan oleh Jurnal Tuberkulosis dan Penyakit Pernafasan Cina dan konsensus pakar. Primer menaip yang direka boleh menguatkan, urutan dan memberi penjelasan lebih daripada 190 spesies NTM.
Melalui teknologi penguatan PCR multiplex yang disasarkan, gen genotip dan gen mycobacterium yang tahan dadah dikuatkan oleh PCR multiplex, dan gabungan amplicon gen sasaran yang dapat dikesan diperolehi. Produk yang diperkuatkan boleh dibina dalam perpustakaan penjujukan generasi kedua atau generasi ketiga, dan semua platform penjujukan generasi kedua dan generasi ketiga boleh dikenakan penjujukan yang mendalam untuk mendapatkan maklumat urutan gen sasaran. Dengan membandingkan dengan mutasi yang diketahui yang terkandung dalam pangkalan data rujukan terbina dalam (termasuk katalog mutasi kompleks Mycobacterium tuberculosis dan hubungannya dengan rintangan dadah), mutasi yang berkaitan dengan rintangan dadah atau kerentanan ubat anti-tuberkulosis ditentukan. Digabungkan dengan penyelesaian rawatan sampel sputum yang dibuka sendiri dari makro & ujian mikro, masalah kecekapan penguatan asid nukleik yang rendah sampel sputum klinikal (sepuluh kali lebih tinggi daripada kaedah tradisional) telah diselesaikan, supaya pengesanan penjujukan rintangan dadah boleh secara langsung digunakan untuk sampel dahak klinikal.
Julat Pengesanan Produk
34gen berkaitan rintangan dadah18ubat anti-tuberkulosis dan6Ubat NTM dikesan, meliputi297tapak rintangan dadah; Sepuluh jenis tuberkulosis Mycobacterium dan lebih daripada190Jenis NTM dikesan.
Jadual 1: Maklumat 18+6 ubat+190+ntm
Kelebihan produk
Kesesuaian klinikal yang kuat: Sampel-sampel sputum boleh dikesan secara langsung dengan ejen pencairan diri tanpa budaya.
Operasi eksperimen adalah mudah: pusingan pertama operasi penguatan adalah mudah, dan pembinaan perpustakaan selesai dalam 3 jam, yang meningkatkan kecekapan kerja.
Penaipan Komprehensif dan Rintangan Dadah: Meliputi tapak rintangan dan rintangan dadah MTB dan NTM, yang merupakan perkara utama keprihatinan klinikal, pengesanan rintangan yang tepat dan ketahanan dadah, menyokong perisian analisis bebas, dan menghasilkan laporan analisis dengan satu klik.
Keserasian: Keserasian produk, menyesuaikan diri dengan platform ILM dan MGI/ONT arus perdana.
Spesifikasi produk
| Kod produk | nama produk | Platform pengesanan | spesifikasi |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium menaip dan kit pengesanan rintangan dadah (kaedah penguatan multiplex) | Ont 、 Illumina 、 MGI 、 Salus Pro | 16/96RXN |
Masa Post: Jan-23-2024