Senjata Baharu untuk Diagnosis Tuberkulosis dan Pengesanan Rintangan Dadah: Penjujukan Sasaran Generasi Baharu (tNGS) Digabungkan dengan Pembelajaran Mesin untuk Diagnosis Hipersensitiviti Tuberkulosis
Laporan kesusasteraan: CCa: model diagnostik berdasarkan tNGS dan pembelajaran mesin, yang sesuai untuk orang yang kurang batuk kering bakteria dan meningitis tuberkulosis.
Tajuk tesis: Penjujukan generasi akan datang yang disasarkan tuberkulosis dan pembelajaran mesin: strategi diagnostik ultra sensitif untuk tiub pulmonari paucific dan meningitis tiub.
Berkala: 《Clinica Chimica Acta》
JIKA：6.5
Tarikh penerbitan: Januari 2024
Digabungkan dengan University of Chinese Academy of Sciences dan Beijing Chest Hospital of Capital Medical University, Macro & Micro-Test mewujudkan model diagnosis tuberkulosis berdasarkan generasi baharu teknologi penjujukan sasaran (tNGS) dan kaedah pembelajaran mesin, yang menyediakan ultra-tinggi. sensitiviti pengesanan untuk tuberkulosis dengan sedikit bakteria dan meningitis tuberkulosis, menyediakan kaedah diagnosis hipersensitiviti baru untuk diagnosis klinikal dua jenis tuberkulosis, dan membantu diagnosis yang tepat, pengesanan rintangan dadah dan rawatan tuberkulosis.Pada masa yang sama, didapati plasma cfDNA pesakit boleh digunakan sebagai jenis sampel yang sesuai untuk pensampelan klinikal dalam diagnosis TBM.
Dalam kajian ini, 227 sampel plasma dan sampel cecair serebrospinal telah digunakan untuk menubuhkan dua kohort klinikal, di mana sampel kohort diagnostik makmal digunakan untuk menubuhkan model pembelajaran mesin diagnosis tuberkulosis, dan sampel kohort diagnostik klinikal digunakan untuk mengesahkan yang telah ditetapkan. model diagnostik.Semua sampel pertama kali disasarkan oleh kolam probe tangkapan yang direka khas untuk Mycobacterium tuberculosis.Kemudian, berdasarkan data penjujukan TB-tNGS, model pokok keputusan digunakan untuk melakukan pengesahan silang 5 kali ganda pada set latihan dan pengesahan baris gilir diagnostik makmal, dan ambang diagnostik sampel plasma dan sampel cecair serebrospinal diperoleh.Ambang yang diperolehi dibawa ke dalam dua set ujian baris gilir diagnosis klinikal untuk pengesanan, dan prestasi diagnostik pelajar dinilai oleh lengkung ROC.Akhirnya, model diagnosis tuberkulosis diperolehi.
Rajah 1 rajah skematik reka bentuk penyelidikan
Keputusan: Mengikut ambang khusus sampel DNA CSF (AUC = 0.974) dan sampel cfDNA plasma (AUC = 0.908) yang ditentukan dalam kajian ini, antara 227 sampel, sensitiviti sampel CSF ialah 97.01%, kekhususan adalah 95.65%, dan sensitiviti dan kekhususan sampel plasma ialah 82.61% dan 86.36%.Dalam analisis 44 sampel berpasangan plasma cfDNA dan DNA cecair serebrospinal daripada pesakit TBM, strategi diagnostik kajian ini mempunyai konsistensi yang tinggi iaitu 90.91% (40/44) dalam plasma cfDNA dan DNA cecair serebrospinal, dan kepekaan ialah 95.45% (42/44).Pada kanak-kanak dengan tuberkulosis pulmonari, strategi diagnostik kajian ini lebih sensitif terhadap sampel plasma daripada keputusan pengesanan Xpert sampel jus gastrik daripada pesakit yang sama (28.57% VS 15.38%).
Rajah 2 Analisis prestasi model diagnosis tuberkulosis untuk sampel populasi
Rajah 3 Keputusan diagnostik sampel berpasangan
Kesimpulan: Kaedah diagnostik hipersensitif untuk tuberkulosis telah diwujudkan dalam kajian ini, yang boleh menyediakan alat diagnostik dengan sensitiviti pengesanan tertinggi untuk pesakit klinikal dengan tuberkulosis oligobacillary (kultur negatif).Pengesanan tuberkulosis hipersensitif berdasarkan cfDNA plasma mungkin jenis sampel yang sesuai untuk diagnosis tuberkulosis aktif dan meningitis tuberkulosis (sampel plasma lebih mudah dikumpulkan daripada cecair serebrospinal untuk pesakit yang disyaki tuberkulosis otak).
Pautan asal: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?melalui%3Dihub
Pengenalan ringkas produk pengesanan siri tuberkulosis Ujian Makro & Mikro
Memandangkan situasi sampel pesakit tuberkulosis yang rumit dan pelbagai keperluan, Ujian Makro & Mikro menyediakan set lengkap penyelesaian NGS untuk pengekstrakan pencairan daripada sampel kahak, pembinaan dan penjujukan perpustakaan Qualcomm, dan analisis data.Produk ini meliputi diagnosis cepat pesakit tuberkulosis, pengesanan rintangan ubat batuk kering, menaip mycobacterium tuberculosis dan NTM, diagnosis hipersensitiviti bakteria-negatif tuberkulosis dan orang batuk kering, dsb.
Kit pengesanan bersiri untuk tuberkulosis dan mikobakteria:
| Barang No | Nama Produk | kandungan ujian produk | jenis sampel | model yang berkenaan |
| HWTS-3012 | Ejen pelepas sampel | Digunakan dalam rawatan pencairan sampel kahak, telah memperoleh nombor rekod kelas pertama, Peralatan Jentera Sutong 20230047. | kahak | |
| HWTS-NGS-P00021 | Kit pengesanan kuantiti Qualcomm untuk tuberkulosis hipersensitif (kaedah penangkapan siasatan) | Pengesanan hipersensitiviti bukan invasif (biopsi cecair) untuk tuberkulosis pulmonari bakteria-negatif dan nodul otak;Sampel orang yang disyaki dijangkiti tuberkulosis atau mikobakteria bukan tuberkulosis telah dianalisis oleh metagenomik penjujukan yang mendalam, dan maklumat pengesanan sama ada mikobakteria tuberkulosis atau bukan tuberkulosis telah dijangkiti dan maklumat rintangan ubat barisan pertama utama mycobacterium tuberculosis telah disediakan. | Darah periferi, cecair lavage alveolar, hydrothorax dan asites, sampel tusukan fokus, cecair serebrospinal. | Generasi kedua |
| HWTS-NGS-T001 | Penaip Mycobacterium dan kit pengesanan rintangan dadah (kaedah penjujukan amplifikasi berbilang pleks) | Ujian menaip Mycobacterium, termasuk MTBC dan 187 NTM；Pengesanan rintangan dadah Mycobacterium tuberculosis meliputi 13 ubat dan 16 tapak mutasi teras gen rintangan dadah. | Kahak, cecair lavage alveolar, hydrothorax dan asites, sampel tusukan fokus, cecair serebrospinal. | Platform dwi generasi kedua/ketiga |
Sorotan: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium menaip dan kit pengesanan rintangan dadah (kaedah amplifikasi berganda)
Pengenalan produk
Produk ini adalah berdasarkan ubat barisan pertama dan kedua utama yang diterangkan dalam garis panduan rawatan TB WHO, makrolid dan aminoglikosida yang biasa digunakan dalam garis panduan rawatan NTM, dan tapak rintangan dadah meliputi semua satu kumpulan tapak berkaitan rintangan dadah dalam Katalog mutasi kompleks Mycobacterium tuberculosis WHO, serta gen rintangan dadah dan tapak mutasi lain yang dilaporkan mengikut penyiasatan dan statistik literatur berskor tinggi di dalam dan luar negara.
Pengenalpastian menaip adalah berdasarkan strain NTM yang diringkaskan dalam garis panduan NTM yang diterbitkan oleh Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases dan konsensus pakar.Primer penaipan yang direka bentuk boleh menguatkan, menyusun dan menjelaskan lebih daripada 190 spesies NTM.
Melalui teknologi amplifikasi PCR multipleks yang disasarkan, gen genotip dan gen tahan dadah Mycobacterium telah dikuatkan oleh PCR multipleks, dan gabungan amplikon gen sasaran yang akan dikesan diperolehi.Produk yang diperkuatkan boleh dibina ke dalam perpustakaan penjujukan daya pemprosesan tinggi generasi kedua atau generasi ketiga, dan semua platform penjujukan generasi kedua dan generasi ketiga boleh tertakluk kepada penjujukan mendalam tinggi untuk mendapatkan maklumat jujukan gen sasaran.Dengan membandingkan dengan mutasi yang diketahui terkandung dalam pangkalan data rujukan terbina dalam (termasuk katalog mutasi kompleks Mycobacterium tuberculosis WHO dan hubungannya dengan rintangan dadah), mutasi yang berkaitan dengan rintangan dadah atau kerentanan ubat anti-tuberkulosis telah ditentukan.Digabungkan dengan penyelesaian rawatan sampel kahak terbuka sendiri bagi Ujian Makro & Mikro, masalah kecekapan amplifikasi asid nukleik rendah bagi sampel kahak klinikal (sepuluh kali lebih tinggi daripada kaedah tradisional) telah diselesaikan, supaya pengesanan jujukan rintangan dadah dapat digunakan secara langsung pada sampel kahak klinikal.
Julat pengesanan produk
34gen berkaitan rintangan dadah daripada18ubat anti-tuberkulosis dan6Ubat NTM dikesan, meliputi297tapak rintangan dadah;Sepuluh jenis Mycobacterium tuberculosis dan lebih daripada190jenis NTM telah dikesan.
Jadual 1: Maklumat 18+6 Ubat +190+NTM
Kelebihan produk
Kebolehsuaian klinikal yang kuat: sampel kahak boleh dikesan terus dengan agen pencairan diri tanpa kultur.
Operasi percubaan adalah mudah: pusingan pertama operasi amplifikasi adalah mudah, dan pembinaan perpustakaan selesai dalam 3 jam, yang meningkatkan kecekapan kerja.
Penaipan dan rintangan dadah yang komprehensif: meliputi tapak menaip dan rintangan dadah MTB dan NTM, yang merupakan perkara utama kebimbangan klinikal, penaipan yang tepat dan pengesanan rintangan dadah, menyokong perisian analisis bebas dan menjana laporan analisis dengan satu klik.
Keserasian: keserasian produk, menyesuaikan diri dengan platform ILM dan MGI/ONT arus perdana.
Spesifikasi produk
| Kod Produk | Nama Produk | Platform pengesanan | spesifikasi |
| HWTS-NGS-T001 | Penaip Mycobacterium dan kit pengesanan rintangan dadah (kaedah penguatan berbilang pleks) | ONT、Illumina、MGI、Salus pro | 16/96rxn |
Masa siaran: Jan-23-2024