Satu kajian baru-baru ini yang diterbitkan dalamMikrobiommenjalankan analisis metagenomik virus ke atas 846 mamalia kecil liar—termasuk kelawar, tikus, dan cemeti—yang dikumpulkan di Sierra Leone, Afrika Barat. Kajian ini mengenal pasti sejumlah 39 virus RNA berkaitan mamalia, yang terdiri daripada 26 virus baharu dan 13 virus yang diketahui sebelum ini. Antaranya, keluarga Paramyxoviridae mempamerkan kepelbagaian tertinggi, manakala tikus mempunyai bilangan spesies virus yang paling banyak (n = 26).
Penilaian risiko zoonotik mendedahkan tiga virus zoonotik yang diketahui—virus ensefalomiokarditis, virus Lassa dan Rocahepevirus sp.—serta tiga virus yang berpotensi berisiko limpahan: virus Melian, virus hepatitis tikus dan Hunnivirus A. Terutamanya, antara virus yang baru dikenal pasti, Bat ledantevirus 2 menunjukkan hubungan filogenetik yang paling hampir dengan virus Le Dantec yang menjangkiti manusia. Analisis serologi selanjutnya mengesan antibodi peneutralan terhadap virus ini dalam 2.8% penduduk tempatan, menunjukkan pendedahan manusia sebelum ini, yang mungkin tidak dikesan.
Penemuan ini mengetengahkan kehadiran takungan virus yang didominasi tikus di Afrika Barat dan menekankan kepentingan kritikal strategi pengawasan bersepadu pada antara muka manusia-haiwan. Menggabungkan saringan metagenomik dengan pengesahan serologi menyediakan rangka kerja yang kukuh untuk mengenal pasti virus yang berpotensi zoonotik dan limpahan.
Sepanjang dekad yang lalu, lebih daripada 60% penyakit berjangkit yang baru muncul pada manusia berasal dari takungan haiwan, dengan kelawar, tikus, dan tikus dikenali sebagai perumah utama virus zoonotik. Afrika secara meluas dianggap sebagai titik panas untuk penyakit zoonotik. Contohnya, Sierra Leone melaporkan lebih 28,000 kes semasa wabak Ebola 2014–2016.
Walaupun terdapat beban penyakit zoonotik yang ketara di rantau ini, kepelbagaian dan taburan virus dalam mamalia kecil liar masih belum dicirikan dengan secukupnya. Bagi menangani jurang ini, para penyelidik menjalankan analisis virom sistematik terhadap 846 mamalia kecil liar yang ditangkap di tiga lokasi di Sierra Leone antara tahun 2018 dan 2023. Kajian ini bertujuan untuk mencirikan kepelbagaian virus, mengenal pasti calon yang mempunyai potensi penularan silang spesies, menilai risiko zoonotik dan menjana bukti untuk menyokong sistem amaran awal bagi penyakit berjangkit yang baru muncul.
Kaedah Teras
Kajian ini menggunakan aliran kerja metagenomik virus yang komprehensif:
- Pemprosesan sampel:Tisu jantung, hati, limpa, paru-paru dan buah pinggang dikumpulkan, dikumpulkan, dihomogenkan dan tertakluk kepada pengekstrakan RNA total.
- Penjujukan dan pemasangan:Penurunan RNA ribosom telah dilakukan sebelum pembinaan perpustakaan, diikuti dengan penjujukan daya pemprosesan tinggi menggunakan platform Illumina NovaSeq 6000. Kontinjen virus telah dipasang secara de novo.
- Pengenalpastian virus:Virus dikenal pasti berdasarkan penjajaran gen RNA polimerase (RdRp) yang bergantung kepada RNA. Hanya virus berkaitan vertebrata yang dikekalkan, tidak termasuk virus bakteria, kulat dan tumbuhan.
- Analisis Bioinformatik:Pembinaan semula filogenetik, analisis rekombinasi, pemodelan rangkaian penghantaran rentas spesies dan penilaian risiko zoonotik telah dijalankan.
- Pengesahan serologi:Satu ujian peneutralan pseudovirus berasaskan VSV telah dibangunkan untuk Bat ledantevirus 2. Antibodi peneutralan dikesan dalam 2.8% sera manusia, memberikan bukti potensi penularan zoonotik.
KajianKeputusan
1. Penemuan dan Kepelbagaian Virus
Kajian ini menjalankan analisis penjujukan transkriptomik ke atas 846 haiwan liar yang dikumpulkan di Sierra Leone, termasuk tikus, kelawar, dan tikus betina. Berdasarkan jujukan gen RNA polimerase (RdRp) yang bergantung kepada RNA yang lengkap, sejumlah 39 virus RNA berkaitan mamalia telah dikenal pasti, yang terdiri daripada 13 virus yang diketahui sebelum ini dan 26 virus baharu.
Dari segi komposisi virus, keluarga Paramyxoviridae mempamerkan tahap kepelbagaian tertinggi merentasi ketiga-tiga ordo perumah, diikuti oleh Astroviridae dan Picornaviridae. Mengenai taburan perumah, tikus menyumbang kepelbagaian virus terbesar, menyimpan sejumlah 26 spesies virus, menunjukkan peranan penting mereka sebagai takungan kepelbagaian virus di rantau ini.
2. Risiko Zoonotik
Penilaian risiko zoonotik mengenal pasti tiga virus zoonotik yang diketahui: virus ensefalomiokarditis, virus Lassa dan spesies Rocahepevirus. Di samping itu, tiga virus—virus Melian, virus hepatitis tikus dan Hunnivirus A—dikenal pasti mempunyai potensi risiko limpahan.
Antara 26 virus yang baru ditemui, empat diramalkan mempunyai potensi zoonotik yang tinggi berdasarkan ciri-ciri filogenetik dan genomik. Terutamanya, Bat ledantevirus 2 menunjukkan hubungan filogenetik yang paling hampir dengan virus Le Dantec yang menjangkiti manusia yang diketahui.
Siasatan serologi berikutnya seterusnya menyokong penemuan ini, kerana antibodi peneutralan terhadap Bat ledantevirus 2 dikesan dalam 2.8% sera daripada penduduk tempatan. Keputusan ini menunjukkan bahawa jangkitan yang tidak dikenali atau asimptomatik mungkin telah berlaku dalam populasi manusia, menonjolkan laluan penularan zoonotik yang berpotensi tetapi sebelum ini tidak dikesan.
3. Dinamik Penghantaran Rentas Spesies
Analisis penularan rentas spesies menunjukkan bahawa tikus menduduki kedudukan utama dalam rangkaian perkongsian virus, bertindak sebagai nod utama yang memudahkan pertukaran virus antara spesies perumah. Sebanyak 15 virus dikenal pasti mempunyai potensi untuk penularan rentas spesies.
Analisis lanjut tentang corak penghantaran rentas tertib menunjukkan bahawa perkongsian virus berlaku lebih kerap antara perumah dalam tertib taksonomi yang sama, menunjukkan bahawa perkaitan perumah memainkan peranan penting dalam dinamik penghantaran. Sebaliknya, kelawar mempamerkan kapasiti yang agak rendah untuk penghantaran rentas tertib.
Yang penting, bukti pengembangan julat perumah diperhatikan dalam virus tertentu. Contohnya, virus Melian, yang sebelum ini dianggap khusus untuk tikus, juga dikesan dalam tikus dalam kajian ini, menunjukkan potensi perubahan dalam kebolehsuaian perumah dan peningkatan risiko penularan yang lebih luas.
Kesimpulan dan Implikasi Kesihatan Awam
- Kepelbagaian virome yang tinggi dalam mamalia kecil liar:Penemuan 39 virus RNA, termasuk 26 spesies baharu, mendedahkan takungan virus yang besar di rantau ini dan melaporkan buat kali pertama virus baharu dengan potensi zoonotik yang tinggi (contohnya, Bat ledantevirus 2).
- Tikus sebagai sasaran pengawasan keutamaan:Tikus bertindak sebagai hab utama untuk penularan virus dan membawa kepelbagaian virus tertinggi, sekali gus mewakili risiko limpahan terbesar.
- Keperluan untuk strategi pengawasan bersepadu:Penemuan ini menyokong keutamaan tikus dalam program pengawasan aktif dan melaksanakan pendekatan bersepadu yang menggabungkan metagenomik, serologi dan pemantauan ekologi pada antara muka manusia-hidupan liar.
Secara keseluruhannya, kajian ini menyediakan bukti kritikal untuk menyokong sistem amaran awal dan rangka kerja penilaian risiko untuk penyakit zoonotik yang baru muncul, mengukuhkan kepentingan pengawasan proaktif di kawasan berisiko tinggi.
Maklumat Produk
Masa siaran: 23 Mac 2026